O Museu da Farmácia localizado no edifício da Associação Nacional das Farmácias, em Santa Catarina (Lisboa), foi inaugurado em Junho de 1996. As primeiras peças que deram origem a este museu foram as doadas à Associação Nacional de Farmácias, pelo Dr. Salgueiro Basso à qual se seguiram várias doações de outros farmacêuticos associados e de outras instituições. O acervo deste museu representa 5000 anos de história da Saúde e é constituído por inúmeras peças de diversas origens geográficas (Egipto, Roma, Mesopotâmia, etc),sendo de salientar, a reconstituição de quatro Farmácias, como por exemplo, uma Farmácia de Macau, assim como uma farmácia portátil do séc. XVIII. Mostra também diversas máquinas e aparelhos utilizados pelas boticas no fabrico e armazenamento de medicamentos, como almofarizes, vasos de botica, frascos de farmácia de vidro, balanças, matrazes, etc.

O Museu da Farmácia foi distinguido com os seguintes prémios:

Os CTT Correios de Portugal editaram uma colecção de selos com imagens de algumas peças do Museu da Farmácia